Ο Ναός έγινε γνωστός από την παλαιότατη και θαυματουργή εικόνα της Παναγίας των Βλαχερνών που παριστάνει την Θεοτόκο όρθια δεομένη με τα χέρια υψωμένα στον ουρανό, έχοντας στο στήθος της εγκόλπιο με τον Ιησού. Είναι η υπέρμαχος Στρατηγός, που σε ανάμνηση της βοηθείας της Θεοτόκου προς τους υπερασπιστές του Βυζαντίου εναντίον των Περσών και Ρώσων, γράφηκε ο γνωστός σε όλους Ακάθιστος Ύμνος. Από Βυζαντινούς συγγραφείς μαθαίνουμε για το απαράμιλλο κάλλος του Ναού, καθώς και τα άπειρα θαύματα της Παναγίας.
Τὸ «λοῦσμα» επικοινωνούσε με το παρεκκλήσιο. Τὸ λοῦσμα στεγαζόταν με θόλο και οι τοίχοι ήταν διακοσμημένοι με εικόνες. Σε ειδική κόγχη βρισκόταν η εικόνα της Παναγίας. Στη δεξαμενή κατέβαινε κάθε Παρασκευή ο αυτοκράτωρ και λουζόταν.
Πολλοί αυτοκράτορες, κατά καιρούς, από προσωπικό ενδιαφέρον βοήθησαν στην αναδιοργάνωση των Βλαχερνών με διάφορες δωρεές. Το μέγεθος των λειτουργικών αναγκών του ναού αποκαλύπτεται από Νεαρά του Ηρακλείου, η οποία ορίζει το ιερατείο και το προσωπικό το οποίο ανερχόταν συνολικά σε 74 άτομα, 12 πρεσβύτεροι, 18 διάκονοι, 6 διακόνισσες, 8 υποδιάκονοι, 20 αναγνώστες, 4 ψάλτες και 6 θυρωροί.
Το γνωστότερο και σπουδαιότερο γεγονός είναι η σωτηρία της Πόλης κατά το 626 όταν πολιορκήθηκε από τα στρατεύματα των Αβάρων. Η εικόνα της Βλαχερνίτισσας λιτανεύτηκε στις επάλξεις από το γιο του απουσιάζοντος Ηρακλείου, τον πατριάρχη Σέργιο (610-638) και το λαό. Η πολιορκία λύθηκε, η Πόλη σώθηκε και η σωτηρία αποδόθηκε στην Παναγία. Σύσσωμος ο λαός οδηγήθηκε με την εικόνα στον ιστορικό ναό όπου αγρύπνησε ψάλλοντας τον Ακάθιστο Ύμνο.
Στη διάρκεια της Εικονομαχίας επί Κωνσταντίνου Ε’ επειδή ήταν το λατρευτικό κέντρο των Ορθοδόξων, παράλληλο με την Αγία Σοφία (π.χ. κάθε Παρασκευή γινόταν ολονύχτιες αγρυπνίες των πιστών αφιερωμένες στη θαυματουργή εικόνα της Παναγίας) το εικονογραφικό πρόγραμμα καταστράφηκε. Όπως μας πληροφορεί «ο Βίος του Αγίου Στεφάνου του Νέου», που γράφτηκε το 808, οι εικονομάχοι αντικατέστησαν τις εικόνες του Χριστού, της Παναγίας και των αγίων με παραστάσεις δέντρων, πτηνών και θηρίων. Τότε εξαφανίστηκε και η ξύλινη, αργυρόχρυση και ιστορική εικόνα της Παναγίας, η οποία ξαναβρέθηκε, σύμφωνα με την παράδοση, το 1030 κρυμμένη στον τοίχο κατά τις εργασίες ανακαίνισης που έγιναν επί Ρωμανού Γ’ Αργυρού.
Το 843, με τη λήξη της Εικονομαχίας, από το ναό των Βλαχερνών ξεκίνησε η γιορτή της Ορθοδοξίας, που καθιερώθηκε για το θρίαμβο των εικόνων. Κατά την παράδοση εξάλλου το 944 τοποθετήθηκαν στο παρεκκλήσιο του ναού η εικόνα του Χριστού και η επιστολή του βασιλέα Αβγάρου, που έφεραν από την Έδεσσα.
Από τις μαρτυρίες που σώθηκαν ο ναός των Βλαχερνών ήταν δίπλα στον Κεράτιο, έξω από τα τείχη. Για να προστατευτεί ο Ηράκλειος περιτείχισε το χώρο. Όταν αργότερα ιδρύθηκε το Παλάτι των Βλαχερνών, πιο πάνω από το ναό στη πλαγιά του λόφου, Παλάτι και ναός επικοινωνούσαν με σκάλα και εδική θύρα. Οι αυτοκράτορες συχνά παρακολουθούσαν τις λειτουργίες και ανάλογο ήταν και το ενδιαφέρον τους για το ναό της Παναγίας για τον οποίο εξεδήλωναν με κάθε τρόπο το σεβασμό και την πίστη τους. Είναι γνωστό πως στις εκστρατείες έφεραν μαζί τους μία εικόνα της Βλαχερνίτισσας.
Ύστερα από την πυρκαγιά του 1434 και την Άλωση, τα πάντα ερειπώθηκαν και ερημώθηκαν. Η φήμη και ο πλούτος του ιερού εξαφανίστηκαν. Η περιοχή περιήλθε με την Άλωση στους Οθωμανούς μέχρι το 1858. Τη χρονιά αυτή η περιοχή του αγιάσματος αγοράστηκε από την Ορθόδοξη συντεχνία των γουναράδων. Ακόμη η συντεχνία αγόρασε διάφορα οικόπεδα γύρω από το αγίασμα, προκειμένου να είναι εύκολη η επέκταση του ναϊδρίου που υπήρχε πάνω από το αγίασμα. Παράλληλα από το 1856 μέχρι το 1866 το ναΐδριο σταδιακά επεκτάθηκε, με ευθύνη της συντεχνίας. Το έτος αυτό (1866) ο Πατριάρχης Σωφρόνιος αποφάσισε να κατασχέσει το αγίασμα με το ναό και να τα θέσει υπό την ευθύνη του Πατριαρχείου.
Κατά τη διάρκεια των Σεπτεμβριανών ο τουρκικός όχλος κατέστρεψε το νάρθηκα και όλα τα ξύλινα μέρη του ναού. Υπό την ευθύνη του τότε πατριάρχη Αθηναγόρα ο ναός ανοικοδομήθηκε στη σημερινή του μορφή και εγκαινιάστηκε στις 26 Ιουνίου 1960. Η εκκλησία αγιογραφήθηκε το 1964, με θέματα από την ιστορία του ναού. Μελλοντικές ανασκαφές στον ευρύτερο χώρο της Παναγίας των Βλαχερνών πιθανόν να αποκαλύψουν τα ερείπια του μεγάλου βυζαντινού ναού.
πηγή